juventus tröja Joshua Kimmich fångade Roman Burki från sin linje med ett sublimt chip från utanför området men den schweiziska målvakten borde ändå ha stött bort den med sin utsträckta hand.
Men Dortmund No.1 lyckades bara hjälpa bollen i nätet för att ge Bayern det avgörande genombrottet bara två minuter före paus.
Lucien Favre använde sig av två av sina fem byten under intervallet, ändrade saker för att ta emot Jadon Sancho och Emre Can, utan att någon av dem har startat på grund av utestående konditionsproblem.
Det djärva dubbelbytet gav nästan utdelning snabbt eftersom det resulterade i en ihållande pressperiod som borde ha resulterat i en straff när Boateng använde sin arm för att avleda ett skott från Haaland i säkerhet.
Domaren vinkade dock spelet vidare och VAR rådfrågades inte. Hade den gula muren varit full hade fansen utan tvekan gjort sitt raseri känt.
Favres män drabbades av ytterligare besvikelse med 20 fotbollströja junior minuter kvar när Haaland tvingades bort skadad, vilket lämnade Dortmund utan anfallare på planen när de desperat letade efter en kvittering.